Se trata de un error bastante común y a la vez un buen quebradero de cabeza.
Esto es debido a que que mysqld está tratando de mantener abiertos demasiados archivos simultáneamente.
Para resolverlo basta con modificar el numero de ficheros abiertos en la variable open_files_limit.
Primero realizaremos la siguiente consulta pra saber cual es el limit actual:
SHOW VARIABLES LIKE 'open%';
Pongamos que nos devuelve 20000, pues lo que haremos sera modificar el limite a 40000.
Primero lo haremos editando el fichero de configuración de mysql /etc/my.cnf :
[mysqld]
open_files_limit = 40000
Después editamos el fichero del sistema, /etc/security/limits.conf y añadimos el mismo límite :
mysql soft nofile 40000
mysql hard nofile 40000
A continuación reiniciamos el servicio mysql, y el error dejara de mostrarse y solo habra que cambiar la configuración segun las necesidades de la aplicación.